Przedsiębiorstwo, które nie dysponuje odpowiednio dużymi zasobami, aby zrealizować planowane przedsięwzięcia, ma możliwość uzyskania wsparcia finansowego z funduszy unijnych. Szanse polskich firm na uzyskanie dotacji zwiększyły się po integracji Polski z Unią Europejską, aczkolwiek pomimo to, nadal występują liczne bariery, które są udziałem podmiotów z sektora MSP na etapie pozyskiwania funduszy europejskich i ich rozliczania.
Droga do pieniędzy unijnych wiąże się z pewnymi przeszkodami, często trudnymi do pokonania, zwłaszcza dla najmniejszych jednostek. Konkursy przeprowadzone w ramach zarówno perspektywy finansowej 2004-2006, jak i 2007-2013 wskazują na fakt istnienia znacznej przewagi popytu na środki europejskie nad ich podażą. Zainteresowanie funduszami ze strony przedsiębiorców jest bardzo duże, co odzwierciedla choćby liczba składanych wniosków w ramach poszczególnych działań. Często zdarzają się sytuacje, kiedy alokacja środków zostaje przekroczona nawet kilka bądź kilkanaście razy, co budzi niezadowolenie przedsiębiorców, którzy zachęcani do złożenia wniosku nie otrzymują dofinansowania (najczęstszą przyczyną takiego stanu rzeczy jest niespełnienie wszystkich koniecznych warunków bądź uzyskanie przez ich projekty niewystarczającej liczby punktów). Zniechęca to firmy do aplikowania o środki w kolejnych naborach.
Kolejną przeszkodą, która skutecznie studzi zapał firm jest brak środków finansowych na zabezpieczenie projektu. Przedsiębiorstwo, które decyduje się na wzięcie udziału w konkursie ma obowiązek wykazać się wkładem własnym, gwarantującym płynność finansową. Zatem, w przypadku wielu firm niezbędne wydaje się uzyskanie kredytu bankowego, co z kolei wiąże się z koniecznością ponoszenia dodatkowych kosztów np. prowizji, odsetek, opłat manipulacyjnych, które nie mogą zostać sfinansowane z pieniędzy UE. Ponadto, należy zwrócić uwagę na fakt, że dotacje unijne przyznawane są na zasadzie refundacji. Oznacza to, że firma realizująca projekt otrzymuje pieniądze w transzach po zakończeniu poszczególnych jego etapów, zaś okres oczekiwania na wypłatę środków może trwać nawet do kilku miesięcy od poniesienia kosztów. Cieszy natomiast fakt, że aby wyjść naprzeciw potrzebom przedsiębiorców, coraz częściej stosuje się mechanizm zaliczkowy finansowania realizacji projektów unijnych, dzięki czemu o dotację mają szansę ubiegać się także podmioty, które nie mogą pochwalić się bardzo dobrą kondycją finansową.
Przygotowanie wniosku związane jest ponadto z barierami występującymi po stronie osób piszących projekt. Wnioskodawca, który decyduje się dokonać tego samodzielnie musi pamiętać, że samo napisanie wniosku nie jest równoznaczne ze znalezieniem się w grupie beneficjentów. Jego sporządzenie jest skomplikowane, wymaga odpowiedniej wiedzy i kompetencji, a także postępowania zgodnie z wytycznymi opracowanymi przez Unię Europejską. Przeszkody leżące po stronie pracowników występują także na etapie realizacji inwestycji. Należą do nich przede wszystkim: problemy wynikające z budowy zespołu projektowego i brak umiejętności pracy w zespole, brak niezbędnych kwalifikacji czy nadmierne obciążenie obowiązkami.